Reduzir transmissão vertical (TV) do HIV continua sendo um desafio em Pernambuco, apesar das medidas profiláticas estarem disponíveis. Este estudo analisou as notificações de gestantes com HIV e seus recém-nascidos, de 2000 a 2012, a partir de dados do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (Sinan), das 12 Gerências Regionais de Saúde (GERES) de Pernambuco, e segundo variáveis consideradas relevantes para a profilaxia da TV. Constatou-se uma taxa de TV do HIV de 12,3 %. E para avaliar o grau de incompletude, foi utilizado os escores propostos por Romero e Cunha, verificando-se: (a) escore “muito ruim”, na variável momento de diagnóstico da mãe, com incompletude acima de 50 % na IV, VI e VII GERES; na variável tipo de parto, em oito GERES, ocorrendo os maiores escores na IV (75%) e na VII GERES (67 %). (b) escore “ruim” na variável uso do antirretroviral (ARV) na gestação, acima de 25 % na XII e I GERES; uso de ARV no parto, com escores de 43 % na IV GERES e de 38 % na VIII e IX GERES; e uso do ARV pelo recém-nascido, em nove GERES, com piora no período após 2007. Este estudo aponta a necessidade urgente de fazer com que os dados das fichas de notificação da mãe e seu recém-nascido possam ser analisados conjuntamente, e de ações estratégicas envolvendo gestores e profissionais da saúde para redução das taxas de TV.